Sungai Sebandai berpunca di kawasan perhutanan di Hutan Simpan Mukah Hills dalam Daerah Selangau, Sarawak iaitu lebih kurang 5.98 kilometer (3.7 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau. Aliran air Sungai Sebandai adalah kebanyakan menuju ke arah timur dahulu lalu berkelok ke utara untuk menghampiri penamat. Setibanya di penamat, Sungai Sebandai akan membuat pertemuan dengan Sungai Arau dan terus mengalir ke Batang Mukah. Pertemuan dua sungai ini terletak di lebih kurang 7.30 km (4.54 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau.[1][2]

Sungai Sebandai mengalir sepanjang kira-kira 1.60 kilometer (1.0 bt) dari punca ke muaranya di Sungai Arau. Punca bagi Sungai Sebandai terletak di ketinggian di antara 480 dan 500 meter (1,574.8 dan 1,640.4 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Sebandai pula terletak di ketinggian di antara 160 dan 180 meter (524.9 dan 590.6 ka) dari atas paras laut.[1][2]